黄连功效清热燥湿，泻火解毒。用于湿热痞满，呕吐吞酸，泻痢，黄疸，高热神昏，心火亢盛，心烦不寐，血热吐衄，目赤，牙痛，消渴，痈肿疔疮；外治湿疹，湿疮，耳道流脓。酒黄连善清上焦火热。用于目赤，口疮。姜黄连清胃和胃止呕。用于寒热互结，湿热中阻，痞满呕吐。萸黄连舒肝和胃止呕。用于肝胃不和，呕吐吞酸。现代研究提示黄连有以下作用：
1.抗病原微生物：包括抗菌作用（ 金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌、肺炎球菌、脑膜炎双球菌、痢疾杆菌、炭疽杆菌等）；抗病毒作用（抑制流感病毒、乙肝病毒等）以及抗原虫作用。
2.对心血管系统的作用：黄连含有小檗碱能够抗心律失常，竞争性阻断α-受体，降低外周阻力，减慢心率，降压，有正性肌力作用。
3.解毒作用：对抗细菌毒素，降低金黄色葡萄球菌凝固酶、溶血素效价，降低大肠杆菌的毒力。
4.抗炎作用：抑制多种实验性炎症，有效成分为小檗碱，抗炎机理与刺激促皮质激素释放有关。
5.解热作用：与抑制中枢PO/AH区神经元cAMP的生成有关。
6.抑制血小板聚集
7. 抗溃疡、抑制胃酸分泌、保护胃粘膜作用。
黄连功效和作用有许多，那有什么副作用呢？中医认为，黄连大苦大寒，过服久服易伤脾胃，脾胃虚寒者应忌用。并且苦燥伤津，阴虚津伤者也应慎用。正如《本草纲目》记载:“黄连大苦大寒，用之降火燥湿，中病即当止，岂可久服，使肃杀之令常行，而伐其生发冲和之气乎？”
现代研究表明黄连有效成分为小檗碱,小檗碱的治疗量相当安全,副作用也很少,最严重的副作用为心脏毒性,在临床可出现急性心源性脑缺氧综合征,100mg于葡萄糖溶液中滴注,病人有出现头昏,气急,心律紊乱,循环呼吸吸骤停等,并有死亡病例报道.过敏反应也较多见,小檗碱针剂（0.1%）2-4ml im,有出现全身搔痒,荨麻疹,体温升高,心慌,关节疼痛,呼吸迪促,烦躁不安,恶心,呕吐,严重的可致血压下降出现过敏性休克.。
黄连可内服，一般根据自身情况与其他药物配伍煎汤服用，也可入丸、散剂，下面为几种黄连食用的方法和剂量。
1.治心烦懊憹反复，心乱，怔忡，上热，胸中气乱，心下痞闷，食入反出：朱砂四钱，黄连五钱，生甘草二钱半。为细末，汤浸蒸饼，丸如黍米大。每服一十丸，食后时时津唾咽下。(《仁斋直指方》黄连安神丸)
2.治少阴病，得之二三日以上，心中烦，不得卧：黄连四两，黄芩二两，芍药二两，鸡子黄二枚，阿胶三两(一云三挺)。上五味，以水六升，先煮三物，取二升，去滓，纳胶烊尽，小冷，纳鸡子黄，搅令相得。温服七合，日三服。(《伤寒论》黄连阿胶汤)
3.治心肾不交，怔忡无寐：生川连五钱，肉桂心五分。研细，白蜜丸。空心淡盐汤下。(《四科简效方》交泰丸)
4.治心经实热：黄连七钱，水一盏半，煎一盏，食远温服。小儿减之。(《局方》泻心汤)
5.治心下痞，按之濡，其脉关上浮者：大黄二两，黄连一两。上二味，以麻沸汤二升渍之，须臾绞去滓。分温再服。(《伤寒论》大黄黄连泻心汤)
6.治小结胸病，正在心下，按之则痛，脉浮滑者：黄连一两，半夏半升(洗)，栝楼实大者一枚。上三味，以水六升，先煮栝楼，取三升，去滓，内诸药，煮取二升，去滓。分温三服。(《伤寒论》小陷胸汤)
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