荆芥穗的用途广泛，从日常的感冒到到一些复杂的肠胃疾病都可以治疗，所以在临床上经常可以看到它的身影。

荆芥有发汗解表作用，且有祛风功效。主要治疗感冒风寒，发热恶寒、无汗、头痛、身痛等症，常与防风相需为用。但也可配辛凉解表药或清热解毒药治疗感冒风热、发热恶寒、目赤咽痛等症，如薄荷、菊花、桑叶、银花等。

荆芥有辛散作用。能助麻疹透发，常与薄荷、蝉衣、牛蒡子等配合应用。荆芥又常用于疮疡初起有表症者，可配伍防风、银花、连翘、赤芍等同用，既退寒热，又消痈肿。

荆芥炒炭应用，有入血分而止血的作用，可用于便血、崩漏等症，在临床上常配合其它止血药同用。

荆芥一药，生用有祛风解表的功效，炒炭则用于止血。配防风、羌活，治风寒表症。配银花、连翘、薄荷，治风热表症。配生石膏，治风热头痛。配牛蒡子、桔梗、生甘草，治咽喉肿痛。配槐花炭，治便血。配白茅根，治鼻衄。荆芥与紫苏均能发汗解表，但紫苏散寒力强，偏入气分，又能理气宽中。而荆芥祛风力胜，偏入血分，炒炭又能止血。故在理气方中常用紫苏，而在理血剂当中多用荆芥。