极少数婴儿因为胚胎时母体感染或因其他疾病大脑发育不良，头颅较小。出生时头围小，出生后5-6个月囟门即提前闭合，造成小头畸形;头小而尖，前额狭窄，鼻梁塌陷，下颌小而后缩，同时伴有智力落后。

囟门的存在有着极其重要的生理学意义。囟门不仅能在胎儿出生经过产道时改变头部的形状，避免发生颅内损伤;还可保证颅骨随大脑的发育而不断扩大。

前囟门大多在12-18个月时闭合。也有少数正常婴儿在5-6个月时前囟门就提前闭合了，但这并不表示头颅不再增大。头颅骨之间呈犬齿状嵌合，较为松动，随着脑部发育增大，头颅骨仍可随之放松扩展，大脑还是可以得到充分发育，直到13-14岁，儿童大脑发育才基本停止，骨缝之间嵌合也融合固定。

研究人员研究显示，这些孩子的智能均在正常水平。极少数婴幼儿是因为大脑发育差而引起囟门早闭。在医学上称之为先天性小头畸形。这种婴儿不仅头围明显低于正常值，全身发育也明显落后于正常水平，如4个月还不会抬头，8个月还不会坐，比较容易鉴别。