结核杆菌聚合酶链式反应不是什么情况都准确的，那么结核杆菌聚合酶链式反应的局限性是什么呢？

结核杆菌聚合酶链式反应的反转录酶活性需要二价锰离子，而二价锰离子会降低ＤＮＡ聚合酶的忠实性，DNA聚合酶，又称DNA依赖的DNA聚合酶，它是以亲代DNA为模板，催化底物dNTP分子聚合形成子代DNA的一类酶。此酶最早是美国科学家Arthur Komberg于1957年在大肠杆菌中发现的，被称为DNA聚合酶Ⅰ（DNA polymerase Ⅰ，简称polⅠ）以后陆续在其他原核生物及真核生物中找到了多种DNA聚合酶。

这些DNA聚合酶的共同特征为：具有5’→3’聚合酶活性，这就决定了DNA只能沿着5’→3’方向合成；需要引物，DNA聚合酶不能催化DNA新链从头合成，只能催化dNTP加入核苷酸链的3-OH末端。因而复制之初需要一段DNA引物的3’一OH端为起点，合成5’→3’方向的新链。