桥本甲状腺炎是一种器官特异性自身免疫性疾病。其病因非常复杂，可能有遗传因素与环境因素相互作用以及年龄、性激素等的协调作用而引起发病。本病有家族聚集现象，甲状腺自身抗体的产生与常染色体显性遗传有关。

本病的特点是血中可检出高效价的抗甲状腺抗体，因此认为是一种自身免疫性疾病。

此外，主要的证据还有：

①患者的甲状腺组织中有大量的浆细胞与淋巴细胞浸润，并可形成淋巴滤泡；

②淋巴细胞与甲状腺抗原接触后，可形成淋巴母细胞，并产生移动抑制因子和淋巴细胞毒素，提示患者的T细胞有致敏活性，其相应的抗原是甲状腺细胞成分；

③患者的亲属中约50%可于血中检出类似的甲状腺自身抗体。

④患者本人或其亲属易罹患其他脏器或组织的自身免疫性疾病，如Graves病，自身免疫性Addison病，恶性贫血，萎缩性胃炎，胰岛素依赖性糖尿病，系统性红斑狼疮等。

⑤对免疫抑制剂有较好的治疗反应。