恙虫病的基本病理组织变化与斑疹伤寒所见相似，主要为小血管炎、血管周围炎以及小血管血栓形成，上述病变可能系由立克次体的毒素所引起。当人们被受感染的恙螨幼虫叮咬后，恙虫立克次体乃由咬伤处直接或经淋巴管进入血循环，引起全身器官病变。

人被受感染的恙螨幼虫叮咬后，恙虫病立克次体先在局部繁殖，然后进入血流，产生立克次体血症，再到达身体各器官组织，出现毒血症临床表现，恙虫病立克次体死亡后所释放的毒素为致病的主要因素，在局部可引起丘疹，焦痂和溃疡，在全身可引起淋巴结肿大，焦痂附近的淋巴结肿大尤为显著，淋巴结中央可呈坏死，浆膜腔，如胸腔，腹腔，心包腔中可见黄绿色渗出液，内脏普遍充血，脾常充血，可肿大2～5倍，肝亦肿大,心肌可呈局灶性或弥漫性心肌炎症，可有局灶性出血或变性病变，肺可有出血性肺炎或继发性支气管肺炎，脑可出现脑膜脑炎，肾脏可呈广泛性急性炎症性病变，胃肠道常广泛充血。

本病的组织病理变化主要在血管系统，可见局灶性或广泛性血管炎和血管周围炎，以肺，脑，心，肾最为显著，血管周围可见单核细胞，淋巴细胞，浆细胞浸润，重型患者可见血管内皮细胞水肿及血管壁坏死，破裂，曾在患者多种器官的血管内皮细胞，巨噬细胞和心肌细胞中检出恙虫病立克次体。