发生兔唇的原因，遗传因素也占有一定的影响作用，家属患有兔唇等先天性疾病遗传给胎儿的几率大概为4%。兔唇的婴幼儿发生的几率会因为直系或者旁系亲属的发生有关，如果亲人有类似的畸形发生，那么新生儿患兔唇的可能性也会有所增加，因此认为唇裂畸形与遗传有一定的关系。

遗传学研究认为兔唇属于多基因遗传性疾病。流行病学调查表明：在直系亲属中有兔唇畸形者，其后代的兔唇发生率比亲属中无兔唇畸形者要高。遗传因素往往难以避免，但可以通过尽量减少环境因素的干扰，减少宝宝发生兔唇的几率。